Sachliche Mängel in der Buchführung, insbesondere Umsatzverkürzungen, führen zur Schätzungsbefugnis der Besteuerungsgrundlagen durch die Behörde.
Die Behörde kann aber auch bei nur formellen Mängeln schätzen. Die Mängel müssen aber so gravierend sein, dass dadurch die Richtigkeit der Bücher und Aufzeichnungen ernsthaft in Zweifel zu ziehen ist. Ein gravierender Mangel besteht etwa darin, dass EDV-geführte Buchhaltungsdaten nicht oder nur unvollständig verfügbar sind, oder EDV-Kassensysteme nicht den gesetzlichen Anforderungen entsprechen.
Eine Schätzung darf aber nicht willkürlich erfolgen. Ziel jeder Schätzung muss sein, den wahren Besteuerungsgrundlagen so nah wie möglich zu kommen. Daher muss die Behörde insbesondere:
Natürlich ist jede Schätzung mit Unsicherheiten verbunden, aber sie muss klar nachvollziehbar sein. Erst jüngst hat der Verwaltungsgerichtshof die Schätzung bei einem Taxiunternehmen verworfen. Die Behörde sei auf die Vorbringen des Abgabepflichtigen nur unzureichend eingegangen, die Ableitung des Schätzungsergebnisses sei nicht logisch genug gewesen.